Projetos de formação discente

Parecer da Comissão Científica

Projeto do CEBIMar

Dados do solicitante

Valte de Oliveira Neto

Natureza do projeto

Projeto de formação discente
Mestrado
Kátia Capel
Marcelo Visentini Kitahara
Por favor, selecione

Pesquisadores ou docentes associados

Recursos

Não se Aplica
Fundo Brasileiro para a Biodiversidade

Descrição do projeto

Desenvolvimento de técnicas moleculares (eDNA) para detecção precoce de espécies marinhas exóticas.
11-01-2022
29-02-2024
Ao longo da história o tráfego de embarcações vem contribuindo com o transporte de organismos ao redor do planeta, frequentemente resultando na introdução de espécies exóticas em novos ambientes. O sucesso de ações de controle de espécies invasoras está diretamente relacionado com o estágio da invasão, sendo de grande importância o desenvolvimento de metodologias de detecção precoce, nos estágios iniciais de invasão. Ao longo da última década têm crescido a utilização de ferramentas moleculares para detecção de espécies exóticas invasoras, particularmente nos casos em que é difícil a detecção por metodologias visuais. Dentre essas abordagens, destaca-se a utilização de DNA ambiental (eDNA), que consiste na recuperação de material genético presente em amostras ambientais de água, sedimento e até mesmo ar. O eDNA tem sido cada vez mais utilizado para o monitoramento da biodiversidade, documentação da distribuição de espécies, uso de habitats e detecção de espécies exóticas em ambientes marinhos, principalmente por ser uma metodologia confiável e pelo potencial de fornecer dados de composição e abundância da comunidade local com alta resolução. O presente trabalho tem como objetivo desenvolver e testar metodologias de detecção de espécies marinhas exóticas no Arquipélago de Alcatrazes utilizando amostras de água e sedimento. Serão coletadas amostras em 25 pontos do arquipélago, abrangendo todas as ilhas, lajes e parcéis. Um segundo objetivo do projeto é desenvolver um protocolo rápido de detecção dos corais invasores do gênero Tubastraea baseado apenas em uma reação em cadeia da polimerase (PCR). Utilizando dados já disponíveis do transcriptoma e genoma nuclear da espécie T. coccinea serão desenvolvidos marcadores específicos para o gênero. O sucesso da amplificação será considerado um indicativo da presença do coral-sol na região amostrada. Tendo em vista a preocupação crescente com a introdução e expansão de espécies exóticas e invasoras e os potenciais impactos negativos associados, é urgente a necessidade de desenvolver metodologias de detecção precoce que possibilitem o planejamento e execução de ações de manejo e controle durante os estágios iniciais da invasão.
Bioinvasão; DNA Ambiental, Metabarcoding, Tubastraea
As coletas serão realizadas em 25 pontos ao longo do arquipélago de Alcatrazes, com o apoio do ICMBIO. Em cada ponto serão coletados aproximadamente um litro de água e 10-20 gramas da porção superior do sedimento arenoso, sendo que o número de pontos de coleta de sedimento pode ser menor caso alguns pontos não apresentem condições seguras de mergulho. Todas as amostras de água serão filtradas in situ utilizando um sistema de filtragem manual e membranas de 0,22 um e posteriormente fixados em álcool absoluto. Todas as amostras de água e sedimento serão extraídas utilizando os kits DNeasy Blood & Tissue (Qiagen) e DNeasy PowerSoil Pro (Qiagen) seguindo as instruções do fabricante. Dois conjuntos de Primers (CO1 e 18S) serão amplificados e sequenciados na plataforma MiSeq Illumina no Centro de Genômica Funcional ESALQ/USP.
Para o protocolo rápido de detecção dos corais do gênero Tubastraea serão desenvolvidos marcadores específicos através da comparação de regiões codificastes isoladas do transcriptoma e genoma nuclear da espécie T. coccinea (dados já disponíveis no Laboratório de Evolução e Sistemática de Anthozoa) com o banco de dados do National Center for Biotechnology Information (NCBI) através da ferramenta BLAST. Os primers serão testados para amplificação nas espécies alvo, T. coccinea e T. tagusensis, em todas as espécies de corais de água rasa da costa brasileira e nas amostras de água de locais onde o coral-sol não ocorre. O sucesso das amplificações será verificado através de uma eletroforese em gel de agarose e considerado um indicativo da presença do coral-sol na região amostrada.
As coletas estão previstas para janeiro e fevereiro de 2022. Ainda no primeiro semestre de 2022 serão realizadas as extrações de DNA das amostras e a busca de regiões específicas para Tubastraea. Até o final de 2022 espera-se ter todas as amostras sequenciadas e o protocolo de detecção rápido já desenvolvido. A defesa está prevista para julho de 2023.

Solicitações

Laboratório Molecular
Todos os equipamentos disponíveis no Laboratório Molecular (Centrífuga, Termociclador, Cuba de Eletroforese, Micro Pipetas, etc).
Serão Coletadas amostras de água e sedimento.
Arquipélago de Alcatrazes. A coleta será realizada com o apoio do ICMBIO
Não
Não
  • Janeiro
  • Fevereiro
  • Março
  • Abril
  • Maio
  • Junho
  • Julho
  • Agosto
  • Setembro
  • Outubro
  • Novembro
  • Dezembro
22
1