Projetos de docentes ou pesquisadores - CEBIMar
Projeto de pesquisa
Parecer da Comissão Científica
Projeto do CEBIMar
Dados do solicitante
Kátia Capel
Natureza do projeto
Projeto de docente ou pesquisador
Outra - Treinamento Técnico
Pesquisadores ou docentes associados
Marcelo Visentini Kitahara
Recursos
Descrição do projeto
Técnicas de extração de DNA genômico total, amplificação molecular de genes mitocondriais e análises filogenéticas moleculares multiloco
17-03-2013
30-06-2015
A presente proposta visa capacitar um técnico em diferentes metodologias empregadas em estudos moleculares voltados a filogenia. As atividades serão divididas em três etapas. Na primeira (aquisição de dados) será focada extração de DNA genômico total de amostras de corais da Ordem Scleractinia. A segunda parte será voltada a amplificação de marcadores genéticos utilizando reações de polimerase em cadeia (PCR), e a última etapa será direcionada a expansão de análises filogenéticas. Tendo duração prevista de 18 meses, a presente proposta visa gerar ao menos duas publicações científicas em periódicos internacionais de expressivo fatores de impacto.
Biologia Molecular, Anthozoa, Scleractinia
O primeiro mês de atividade será voltada a extração de DNA genômico das espécies de Scleractinia de mar profundo que já se encontram disponíveis ao presente estudo. Adicionalmente, será dada ênfase a espécies de corais zooxantelados de águas brasileiras, principalmente as de elevado interesse científico por serem endêmicas (p. ex., Mussismilia braziliensis). Nesta etapa será utilizado kit comercial de extração de DNA por meio de coluna (QIAGEN - DNeasy Blood & Tissue Kit). Paralelamente, e com término previsto até o décimo mês de atividades, espera-se que a amplificação de todos os marcadores genéticos esteja concluída. Esta etapa utilizará técnicas de PCR, eletroforese em gel de agarose e purificação de amplicons. Todas estas etapas seguirão os protocolos utilizados por Kitahara et al. (em preparação) e Lin et al. (em preparação), sendo os amplicons limpos utilizando-se kit comercial que incluam coluna (p. ex., MO-BIO) e, posteriormente sequenciados utilizando técnicas Sanger (Sanger et al., 1977).
O primeiro mês de atividade será voltada a extração de DNA genômico das espécies de Scleractinia de mar profundo que já se encontram disponíveis ao presente estudo. Adicionalmente, será dada ênfase a espécies de corais zooxantelados de águas brasileiras, principalmente as de elevado interesse científico por serem endêmicas (p. ex., Mussismilia braziliensis). Nesta etapa será utilizado kit comercial de extração de DNA por meio de coluna (QIAGEN - DNeasy Blood & Tissue Kit). Paralelamente, e com término previsto até o décimo mês de atividades, espera-se que a amplificação de todos os marcadores genéticos esteja concluída. Esta etapa utilizará técnicas de PCR, eletroforese em gel de agarose e purificação de amplicons. Todas estas etapas seguirão os protocolos utilizados por Kitahara et al. (em preparação) e Lin et al. (em preparação), sendo os amplicons limpos utilizando-se kit comercial que incluam coluna (p. ex., MO-BIO) e, posteriormente sequenciados utilizando técnicas Sanger (Sanger et al., 1977).
Solicitações
Laboratório de Biologia Molecular.
Laboratório de Biologia Molecular.
Nenhum.
Nenhum.
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