Projetos de formação discente
Projeto de pesquisa
Parecer da Comissão Científica
Projeto do CEBIMar
Dados do solicitante
Laiza Cabral de Faria
Natureza do projeto
Projeto de formação discente
Mestrado
Marcelo Visentini Kitahara
Por favor, selecione
Pesquisadores ou docentes associados
Recursos
Benefícios complementares de projeto Jovem Pesquisador
Fapesp
Descrição do projeto
Comunidade Bacteriana Associada ao Coral-Sol, Tubastraea coccinea (Scleractinia: Dendrophylliidae), da Costa do Brasil
31-07-2018
31-05-2020
A relação entre o coral e a microbiota associada a ele é essencial para sua sobrevivência. Diversos fatores ambientais podem influenciar na composição desta comunidade microbiana, como temperatura, pH e salinidade. O projeto tem como objetivo caracterizar a comunidade bacteriana associada a corais invasores da espécie Tubastraea coccinea presentes em diferentes localidades do litoral brasileiro, por meio da técnica de metabarcoding, e relacionar esses resultados com dados ambientais do local. A hipótese é que se as bactérias forem uma herança do entorno, então a composição da comunidade bacteriana associada ao coral irá variar conforme sua localidade de origem, independentemente da colônia que ele está estabelecido. Uma vez que os corais se reproduzem assexuadamente, formando clones, as associações bacterianas podem ser herança do indivíduo, e não do entorno.
Metabarcoding; simbiose; microbiota
As coletas de material biológico que será utilizado já foram realizadas através de mergulho autônomo, entre 2012 e 2017, e as amostras se encontram fixadas e armazenadas a -20.. Foram coletadas três amostras de coral por ponto, sendo 15 pontos ao longo da costa brasileira, entre os estados de Santa Catarina e Ceará, totalizando 45 amostras.
Utilizaremos um kit de extração de DNA para extrair DNA genômico total das bactérias, a partir de partes de tecido do coral. A técnica reação de polimerase em cadeia (PCR) será utilizada para amplificar parcialmente o gene 16S rDNA bacterial. Os produtos da PCR serão então enviados para sequenciamento.
Sequências do gene 16S rDNA bacterial disponíveis em bancos de dados, como GenBank, serão utilizadas para a criação de uma biblioteca de referência, para então os dados referentes às amostras serem analisados. O processamento e a análise das sequências serão realizados no software de livre acesso Usearch v9.0.
Utilizaremos um kit de extração de DNA para extrair DNA genômico total das bactérias, a partir de partes de tecido do coral. A técnica reação de polimerase em cadeia (PCR) será utilizada para amplificar parcialmente o gene 16S rDNA bacterial. Os produtos da PCR serão então enviados para sequenciamento.
Sequências do gene 16S rDNA bacterial disponíveis em bancos de dados, como GenBank, serão utilizadas para a criação de uma biblioteca de referência, para então os dados referentes às amostras serem analisados. O processamento e a análise das sequências serão realizados no software de livre acesso Usearch v9.0.
Extração de DNA - de 01/08/2018 até 30/09/2018
PCR - de 01/10/2018 até 28/02/2019
Análise das sequências e estatísticas - 01/05/2019 até 30/09/2019
Redação do artigo - 01/10/2019 até 31/01/2020
PCR - de 01/10/2018 até 28/02/2019
Análise das sequências e estatísticas - 01/05/2019 até 30/09/2019
Redação do artigo - 01/10/2019 até 31/01/2020
Solicitações
Bancada para realização de extração de DNA; mesa para uso diário.
Freezer e geladeira; cabine de PCR; centrifuga de microtubos; termociclador; fonte e cuba de eletroforese; micropipeta; transiluminador; nanodrop.
Organismos já coletados.
Organismos já coletados.
Nenhuma condição especial.
- Janeiro
- Fevereiro
- Março
30
1