Parecer da Comissão Científica

Projeto Externo - de Outra Unidade da USP

Dados do solicitante

Tammy Iwasa Arai

Natureza do projeto

Projeto de docente ou pesquisador
Projeto de Pós-Doutorado

Pesquisadores ou docentes associados

Sónia Cristina da Silva Andrade

Recursos

2022/13979-4
Fapesp
2021/06738-8
Fapesp

Descrição do projeto

A história evolutiva dos piolhos-de-baleia: de adaptações específicas à filogenia da família
02-03-2023
02-03-2025
Inferir como as relacões históricas entre populações naturias se reflete nos padrões de variabilidade genética é um dos desafios da disciplina de genética de paisagens. Essa abordagem permite a compreensão das relações entre a distribuição das populações na matriz geográfica e o fluxo gênico, regulado pelas características ambientais e bionômicas. Um das muitas possibilidades dentro da genética de paisagens marinha é a análise de associação entre os dados dos marcadores genéticos com potencial papel funcional e características descritivas ambientais. Entretanto, essa associação tem um alcance limitado, uma vez que em organismos não modelo a anotação dos locos associados é limitada pelos bancos de dados. Para resolver esse problema, análises comparativas genômicas podem ser empregadas para estudar a base genética da evolução fenotípica/funcional do caráter. Nesse contexto, a presente poposta explora três aspectos potencialmente fundamentais no estabelecimento de uma ponte entre diversidade genética e traços adaptativos em dois ambientes marinhos restritivos e pouco estudados. Primeiramente, caracterizar e entender a um nível genômico/transcriptômico as diferenças interespecíficas da resposta a pressões ambientais. Em segundo lugar, avaliar a distribuição da variabilidade genética acompanhada por dados ambientais e de circulação oceânica. Finalmente, usando abordagens filogenéticas, ferramentas comparativas (PhyloG2P, PhyloAcc), dados genômicos, transcriptomas e marcadores UCEs, serão testadas associações evolutivas entre diversificação de linhagens e traços adaptativos/funcionais, identificando e distinguindo a similaridade causada por evolução convergente da causada pela ancestralidade compartilhada.
CRUSTACEA
coevolução
evolution
AMPHIPODA
Ultraconserved Elements
phylogenomics
Indivíduos do gênero Caprella (Crustacea: Amphipoda) serão coletados manualmente com sacos de voal associados a macroalgas nas praias da região de São Sebastião. A fauna associada será retida na malha, e o material será levado para laboratório para preparação das amostras. Em laboratório, as amostras serão lavadas em água do mar com adição de etanol, seguido de fixação das espécies focais em etanol 99% para análises genômicas e fixados em RNAlater para análises transcriptômicas. Em seguida, o DNA e RNA material será extraído no Laboratório de Diversidade Genômica da Universidade de São Paulo.
Março-Abril/2023: Coleta de Caprella sp.
Março-Abril/2023: Extração de DNA e RNA
Abril/2023: Envio de amostras para transcriptômica (Caprella sp)
Abril/2023: Envio de amostras para WGS (Caprella sp)
Julho/2023: Coleta de Cyamus boopis
Julho-agosto/2023: Extração de DNA e RNA
Agosto/2023: Envio de amostras para transcriptômica (Cyamus boopis)
Agosto/2023: Envio de amostras para WGS (Cyamus boopis)
Novembro-Dezembro/2023: Análises bioinformáticas

Solicitações

Laboratório molhado
Bancada
Caprella sp.
Sargassum sp.
Praia do Segredo
Praia do Cabelo Gordopraia de Pitangueiras
Maré baixa
Não
  • Março
  • Abril
2
4