Parecer da Comissão Científica

Aprovado
Projeto Externo - de Outra Unidade da USP

Dados do solicitante

Irma Nelly Gutierrez Rivera

Natureza do projeto

Projeto de docente ou pesquisador
Selecione ou escolha outra natureza do projeto
Projeto autônomo

Pesquisadores ou docentes associados

Maicon Ricardo Zieberg Passini
Thiago Nepomuceno
Flávio Augusto Cardozo

Recursos

Transporte Diárias Aluguel de barco
Fapesp

Descrição do projeto

Caracterização de comunidades bacterianas marinhas por métodos independentes de cultivo utilizando o gene 16S rRNA
03-02-2014
19-02-2015
Os micro-organismos representam uma das maiores fontes de diversidade genética disponível, apesar do seu tamanho microscópico são formas de vida muito abundantes na biosfera desempenhando funções essenciais nas cadeias alimentares e ciclos biogeoquímicos. O ecossistema marinho possui grande parcela dessa diversidade procariótica e conhecê-la pode trazer benefícios econômicos, através da produção de antibióticos, agentes terapêuticos, produtos químicos, enzimas e polímeros para aplicações industriais, além de outros benefícios como, prognóstico e prevenção de doenças emergentes em seres humanos, animais e plantas. O isolamento de bactérias em meio de cultura ainda é utilizado para estudo da diversidade em amostras ambientais, porém, este método apresenta suas limitações, pois fornece dados insuficientes para estimar a diversidade microbiana, já que apenas uma parcela das bactérias totais pode ser cultivada. Para explorar os micro-organismos não cultiváveis o DNA dos organismos presentes é extraído e através de ferramentas moleculares, como, polimorfismo de fragmento de restrição terminais terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) é possível obter informações das comunidades microbianas presentes no ambiente. Com o objetivo de obtermos maiores conhecimentos sobre a microbiota marinha brasileira o presente estudo realizará uma coleta de água do mar na região costeira de São Sebastião - SP e com esta, serão realizadas analises quanto a diversidade bacteriana através de métodos independentes de cultivos utilizando o gene 16 rRNA.
comunidades bacterianas, ecossistema marinho, T-RFLP, ecologia microbiana molecular

Amostragem: amostras de água do mar do Canal de São Sebastião, São Paulo. (aprox.. 20 L) serão coletados, antes do nascer do sol, a 10cm da superfície em frasco de polipropileno previamente esterilizados.
Processamento da amostra: as amostras serão filtradas pela técnica da membrana filtrante (0,22 mm, 47 mm) e as membranas serão transferidas para tubos Falcon e armazenadas à -20 .C até o momento da extração.
Extração do DNA total: serão utilizados vários métodos: (1) Rivera et al., (2003) com modificações,(2) Kit comercial Power Soil DNA (MO BIO)(3) Kit comercial Power Water DNA (MO BIO) de acordo com as instruções dos autores ou do fabricante.
Amplificação da região 16S rRNA: os DNA metagenomicos obtidos serão amplificados utilizando os iniciadores 27F marcados com 6-carboxyfuorescein (FAM) e o 1525R de acordo com o protocolo padronizado no laboratório de Ecologia Microbiana Molecular.
Preparo e análise dos dados do T-RFLP : os produtos amplificados serão digeridos com endonucleases e os produtos serão preparados e enviados para sequenciados automático ABI 3500 Genetic Analyzer. Os dados resultantes serão analisados de acordo com EVERROAD et al., 2012.
Amostragem - 1. Trimestre de 2014 e 1. Trimestre de 2015
Processamento da amostra - 1. Trimestre de 2014 e 1. Trimestre de 2015
Extração do DNA total - 1. e 2. Trimestre de 2014 e 1. e 2. Trimestre de 2015
Amplificação da região 16S rRNA - 1. e 2. Trimestre de 2014 e 1. e 2. Trimestre de 2015
Preparo e análise dos resultados - 2., 3. e 4. Trimestre de 2014 e 2., 3. e 4. Trimestre de 2015

Solicitações

bancada de laboratório (4m2)
nenhum
Coleta de amostras de água do mar
Uma coleta em frente à praia do Segredo (latitude 23o 49'50" S, longitude 45o 25' 20" W)
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Uma tomada 110V
  • NEC_VESSEL
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