Parecer da Comissão Científica

Aprovado
Projeto do CEBIMar

Dados do solicitante

Eloisa Maria Dadalt

Natureza do projeto

Projeto de formação discente
Mestrado
Marcelo Visentini Kitahara
Carla Zilberberg
Por favor, selecione

Pesquisadores ou docentes associados

Recursos

21/06866-6
Fapesp

Descrição do projeto

Conectividade e Estrutura Populacional de Agaricia fragilis (Scleractinia, Agariciidae) da Costa Brasileira
26-08-2024
23-06-2026
Recifes de corais são ecossistemas conhecidos por abrigarem mais de um quarto da biodiversidade marinha, que estabelecem relações ecológicas únicas e complexas, e são constituídos principalmente pelos corais escleractíneos. Agaricia fragilis é uma espécie da ordem Scleractinia encontrada em diferentes regiões do Atlântico Ocidental, inclusive ao largo da costa nordeste do Brasil e, até o momento não há dados disponíveis em relação a estrutura populacional, diversidade genética e estado de conservação desta espécie. A avaliação de populações de corais escleractíneos é essencial, especialmente no cenário recente em que estes organismos de extrema importância ecossistêmica tem sido severamente afetados pelas mudanças climáticas, seja em relação a suas taxas de mortalidade ou prejuízo da capacidade reprodutiva e de dispersão. Deste modo, este estudo irá analisar, através de Sequenciamento Shotgun, amostras obtidas em diferentes pontos de ocorrência da espécie ao longo do país (incluindo regiões costeiras e ilhas oceânicas) para obter informações do genoma mitocondrial e de marcadores nucleares, a partir das quais irá realizar análises filogenéticas, de diversidade genética, estrutura e conectividade populacional. Logo, fornecerá dados para uma melhor compreensão da dinâmica das populações de A. fragilis do Brasil, sua conectividade, diversidade genética e principais processos biogeográficos que possam influenciar o fluxo genético da espécie, contribuindo para o melhor conhecimento da espécie, e gerando informações relevantes para ações de conservação.
Scleractinia; Diversidade genética; Genética populacional; Sequenciamento shotgun; Conservação
O DNA genômico total das amostras será extraído com a utilização do kit Qiagen DNeasy Blood & Tissue, seguindo o protocolo do fabricante, ou através do método de fenol-clorofórmio, de acordo com Fukami et al. (2004). Em seguida as amostras serão purificadas com o Genomic DNA Clean and Concentrator kit (Zymo Research) e o DNA extraído será quantificado e verificado sua pureza por espectrofotometria (Nanodrop, Thermo Fisher Scientific) e sua qualidade checada através de eletroforese em gel de agarose 1%.
As bibliotecas de sequenciamento serão preparadas através do kit TruSeq DNA Nano Library Preparation (Illumina). A verificação da qualidade será feita pela quantificação por fluorescência da concentração de DNA antes e depois da preparação da biblioteca (Qubit 2.0 Thermo Fisher Scientific) e, posteriormente, através da utilização de eletroforese automatizada (Bioanalyzer, Agilent). Uma vez preparadas, as bibliotecas serão sequenciadas na plataforma NovaSeq da Illumina no Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco da Universidade de São Paulo.
1. Disciplinas (créditos): Segundo semestre de 2024 e primeiro semestre de 2025;
2. Aquisição das amostras: Segundo semestre de 2024;
3. Extração de DNA e preparo de bibliotecas: Segundo semestre de 2024 e o primeiro semestre de 2025;
4. Sequenciamento do DNA: Primeiro semestre de 2025;
5. Análises de Bioinformática: Primeiro e segundo semestres de 2025;
6. Escrita da dissertação: Segundo semestre de 2025 e primeiro semestre de 2026;
7. Defesa: Primeiro semestre de 2026.

Solicitações

Laboratório de Biologia Molecular
Equipamentos de análises moleculares: termociclador, espectrofotômetro de microvolumes, transiluminador, fonte e cuba de eletroforese, centrífuga, micropipetas.
Fragmentos do coral escleractíneo Agaricia fragilis
As coletas serão realizadas durante expedições do projeto "Integrando ferramentas e disciplinas para entender o futuro dos corais de águas-rasas do Atlântico Sul Ocidental em um planeta em mudanças", coordenado pelo orientador (projeto guarda-chuva).
Não
Não
  • Janeiro
  • Fevereiro
  • Março
  • Abril
  • Maio
  • Junho
  • Julho
  • Agosto
  • Setembro
  • Outubro
  • Novembro
  • Dezembro
25
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