Projeto de pesquisa

O objetivo do projeto é desenvolver e testar um protocolo simples e rápido para detecção das espécies de corais invasores do gênero Tubastraea a partir de amostras de DNA ambiental. Para isso, serão desenvolvidos primers (iniciadores) específicos que viabilizem a identificação das espécies do gênero Tubastraea em amostras de eDNA via reações de PCR em tempo real (qPCR. A partir do mapeamento do transcriptoma com o genoma da espécie, serão selecionadas regiões intergênicas entre 300 e 400 pares de bases para desenhar primers em regiões codificantes conservadas que possam amplificar regiões intergênicas específicas.
Entre 20 e 40 primers serão desenhados utilizando o programa Primer-BLAST e testados para amplificação em T. coccinea e T. tagusensis, espécies coletadas no Arquipélago dos Alcatrazes. O DNA dos corais será extraído utilizando o kit DNeasy Blood & Tissue (Qiagen) e analisado por eletroforese em gel de agarose e espectrofotometria (NanoDrop 2000). Os testes de PCR utilizarão a polimerase Platinum™ em diferentes condições de temperatura de anelamento, com sucesso confirmado por eletroforese em gel e sequenciamento Sanger.

Primers bem-sucedidos serão testados em outras espécies de corais para confirmar sua especificidade. Os primers específicos para Tubastraea serão usados para amplificação e sequenciamento de amostras de água coletadas em áreas com e sem a presença do coral-sol (Arquipélago de Alcatrazes e Fernando de Noronha). A extração de DNA dessas amostras seguirá métodos ajustados, e um protocolo de detecção será desenvolvido utilizando qPCR com SYBR Green Supermix.
Desse modo, espera-se desenvolver um conjunto de primers específicos para as espécies do gênero Tubastraea, o que permitirá a amplificação seletiva do DNA dessas espécies em amostras de eDNA, diferenciando-as de outras espécies de corais presentes na costa brasileira. Será desenvolvido então um protocolo otimizado para a detecção de Tubastraea utilizando qPCR, facilitando a identificação dessas espécies em amostras ambientais de forma rápida e eficaz.