Projeto de pesquisa
Parecer da Comissão Científica
Aprovado
Projeto do NP-BioMar
Dados do solicitante
Morgan Jean Gaëtan Danielo
Natureza do projeto
Projeto de formação discente
Doutorado
Tito Monteiro da Cruz Lotufo
Por favor, selecione
Pesquisadores ou docentes associados
Letícia Veras Costa Lotufo
Carolina Cristina Medeiros
Recursos
Projeto Temático FAPESP 2015/17177-6 aprovado.
Fapesp
Descrição do projeto
Filogeografia de Didemnum ligulum e sua relação com o perfil químico e microbiológico
17-07-2017
30-03-2020
As ascídias são animais marinhos bentônicos filtradores com ampla distribuição geográfica e batimétrica. Espécies do grupo vem sendo utilizadas como modelos biológicos essenciais para a compreensão de processos diversos, da biologia do desenvolvimento à bioinvasão marinha, sendo também foco de projetos voltados à bioprospecção e diversidade química. A espécie Didemnum ligulum é uma ascídia encontrada desde a Ilha de Guadalupe, onde foi descrita, até o estado de Santa Catarina, no sul do Brasil, com ocorrência também em ilhas costeiras e oceânicas do Atlântico. Assim como diversos animais marinhos, as ascídias produzem e contém um diverso espectro de metabólitos, muitos dos quais oriundos da rica microbiota associada a seus diversos tecidos. De forma a se compreender como a geografia, microbiota, e genética da espécie influenciam a diversidade química, este projeto pretende estudar a filogeografia de D. ligulum. Estudos sobre a metagenômica e metabolômica da espécie ao longo do Atlêntico tropical serão desenvolvidos por equipes parceiras na Universidade de São Paulo e Universidade Federal do Ceará. Para a filogeografia será utilizado o método de DDRAD-seq, utilizando plataforma de sequenciamento de última geração para a produção de dados sobre a estrutura genética das populações, permitindo avaliação de fluxo gênico e padrão geográfico da distribuição das linhagens. Dessa forma, será possível uma análise integrativa dos componentes genéticos, oceanográficos, microbiológicos e químicos.
genética populacional, biogeografia marinha, química, holobionte
A coleta será realizada em diferentes áreas ao longo do Atlântico tropical, entre o estado do Ceará e o estado de Santa Catarina, incluindo as ilhas oceânicas e a localidade-tipo da espécie no Caribe. Para as coletas no estado de São Paulo, as localizações são as unidades costeiras da Universidade de São Paulo (USP), principalmente a base do IOUSP em Ubatuba e o Centro de Biologia (CEBIMAR) em São Sebastião. A população de referência será a população de Guadalupe, pois é a localidade tipo da espécie descrita por Françoise Monniot em 1983 (Monniot 1983). Além disso, Caribe é um hotspot de biodiversidade, há uma grande diversidade de espécies da flora e fauna que são endêmicas desta ecoregião (Mittermeier et al. 2015).
Os exemplares coletados terão fragmentos de suas colônias conservados em Chaos. O DNA será extraído por meio de kits comerciais (Qiagen QIAamp micro kit) ou por meio de protocolo utilizando a resina Chelex.A variabilidade genética entre as amostras será avaliada utilizando o método RADseq, seguindo o protocolo de digestão dupla (Peterson et al. 2012). O aplicativo Stacks será utilizado para identificação dos SNPs a partir das sequências obtidas no Illumina. Os dados gerados a partir do Stacks serão analisados por meio do aplicativo Structure, permitindo a avaliação da estruturação genética das populações e inferência da história evolutiva das linhagens das espécies estudadas. As análises químicas e microbiológicas serão realizadas por parceiros na USP -Ribeirão Preto e Universidade Federal do Ceará.
Os exemplares coletados terão fragmentos de suas colônias conservados em Chaos. O DNA será extraído por meio de kits comerciais (Qiagen QIAamp micro kit) ou por meio de protocolo utilizando a resina Chelex.A variabilidade genética entre as amostras será avaliada utilizando o método RADseq, seguindo o protocolo de digestão dupla (Peterson et al. 2012). O aplicativo Stacks será utilizado para identificação dos SNPs a partir das sequências obtidas no Illumina. Os dados gerados a partir do Stacks serão analisados por meio do aplicativo Structure, permitindo a avaliação da estruturação genética das populações e inferência da história evolutiva das linhagens das espécies estudadas. As análises químicas e microbiológicas serão realizadas por parceiros na USP -Ribeirão Preto e Universidade Federal do Ceará.
Cronograma
Primeiro semestre
Segundo semestre
2017
Coletas dos indivíduos
Coletas dos indivíduos
Ajuste do protocolo
2018
Coleta dos indivíduo
Análise dos dados
2019
Análise dos dados
Redação de artigo
Análise dos dados
Redação de artigo
2020
Redação de artigo
Primeiro semestre
Segundo semestre
2017
Coletas dos indivíduos
Coletas dos indivíduos
Ajuste do protocolo
2018
Coleta dos indivíduo
Análise dos dados
2019
Análise dos dados
Redação de artigo
Análise dos dados
Redação de artigo
2020
Redação de artigo
Solicitações
20-30 metros quadrados.
Lupas,
Didemnum ligulum
Costões da praia do segredo e praia do cabelo gordo
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- NEC_TECH_SUPP_COLLEC
Por favor, selecione
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